PCR實驗室是一個相對密閉的空間，所以對室內氣流的速度、風量也是有這一定的要求，在保持一定溫濕度的同時，還要根據各個試驗區域對壓力的需求，采取補償室內排風所需要的新鮮空氣量。
有的PCR實驗室對潔凈度要求比較高，需要在凈化機組系統中設置初、中、高效過濾器。
PCR實驗室一般采用上送下回式的送風方式。
實驗室投入使用前，需要對通風系統中的空氣進行監測，達到標準后，才可以投入使用。
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