PCR實驗室原則上為試劑準備區、樣品制備區、擴增區和擴增產物分析區四個單獨的工作區域并設有專用走廊，各工作區域應設緩沖間，工作區與緩沖間宜安裝連鎖裝置。不同功能的工作區應是分隔獨立的，各工作區有明顯的標志，不能直通。如果緊密相連，需安裝物品傳遞窗。
一：PCR實驗室各區功能
(1)試劑準備區：主要進行試劑的制備、分裝和主反應混合液的制備。試劑和用于樣品制作的材料應直接運送至該區，不得經過其它區域。。
（2）樣品制備區：主要進行樣品的保存、核酸(RNA、DNA)提取、貯存及其加入至擴增反應管和測定DNA的合成。
（3）擴增區：主要進行DNA擴增。此外，已制備的DNA模板 (來自樣品制備區)的加入和主反應混合液(來自試劑準備區)制備成反應混合液等也可在本區內進行。
二;PCR實驗室通風系統及壓力控制:各區域之間應具備單向的實驗工藝流、物流、人流與氣流，形成單向流程的保護屏障，避免實驗之間的相互干擾，防止氣溶膠擴散對實驗過程造成污染。
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