潔凈實驗室有時候是單獨建設，有時候是整體實驗室建設的一部分。在潔凈實驗室這個區域，也可以分為潔凈區、準潔凈區和輔助區三個部分。潔凈實驗室的設計規劃布局包括了平面布局、凈化路線、通風管道線路。
一、潔凈實驗室平面設計
潔凈實驗室平面設計規劃布局按照潔凈區、準潔凈區和輔助區三個區域的位置不同進行劃分規劃，可分為外廊環繞式、內廊式、兩端式、核心式。
外廊環繞式的外廊可以有窗和無窗，兼作參觀和放置一些設備用，有的在外廊內設值班采暖。外窗必須是雙層密封窗。
內廊式：潔凈室設在外圍，而走廊設在內部，這種走廊的潔凈度級別一般都較高，甚至和潔凈室同級。
兩端式：潔凈區設在一邊，另一邊設準潔凈和輔助用房。
核心式：為了節約用地、縮短管線，可以潔凈區為核心，上下左右被各種輔助用房和隱蔽管道的空間包圍起來，這種方式避開室外氣候對潔凈區的影響，減少了冷熱能耗，利于節能。
二、潔凈實驗室凈化路線
潔凈實驗室凈化路線分為人身凈化與物料凈化。人身凈化是指人員在進入潔凈區之前要進行更換潔凈服并吹淋、洗澡、消毒等人身凈化措施。物料凈化是指各種物件進入潔凈區之前必須凈化處理，而且物料凈化路線與人身凈化路線應該區分開，物料凈化要進行粗凈化與精凈化兩個階段，而且這個過程還會吹落很多微顆粒，所以潔凈區要保持負壓或者零壓狀態。
三、潔凈實驗室通風管道線路設計
潔凈實驗室的各種管道布局非常復雜，一般潔凈實驗室通風管道線路設計規劃布局都采用隱蔽組織方式，技術階層或者技術夾道。
技術夾層分為頂部技術夾層與房間技術夾層。頂部技術夾層送、回風管的斷面大，一般將其安排在夾層的最上方，其下安排電氣管線，地板承重相對較強時，可在上面設置過濾器及排風設備等。房間技術夾層與頂部相比，可減少夾層的布線與高度，下夾道內還可設回風機動力設備配電等，某層潔凈室的上夾道可以兼做上一層的下夾道。
技術夾道的設計布局，一般都為豎向直線，還可以放置不宜在潔凈室內的一些輔助設備，甚至還可以作為一般回風管道或靜壓箱，有的可安設光管型散熱器。這類技術夾道(墻)由于大多采用輕質隔斷，所以當工藝調整時，可方便地進行調整。
潔凈實驗室分為普通潔凈實驗室與生物安全實驗室。普通潔凈實驗室中進行的實驗不具有傳染性，但要求環境對實驗本身不造成不良影響，因此實驗室內不設防護設施，而潔凈度必須達到實驗要求。生物安全實驗室是具有一級防護設施的，可實現二級防護的生物實驗定。凡進行微生物學、生物醫學、功能實驗及基因重組等領域的科學實驗均需要生物安全實驗室。
