微生物實驗室的安全防護是一個多層次、綜合性的體系，常見的防護主要有生物安全防護、化學安全防護、物理安全防護，據微生物的致病性和操作風險，實驗室被劃分為不同的生物安全級別（如BSL-1至BSL-4），每個級別都有特定的安全要求和防護措施。
實驗室的設計和建造應滿足特定級別的生物安全要求，包括實驗室的選址、平面布置、圍護結構、通風空調系統等。實驗室需具備良好的通風系統，應注意通風換氣，減少病原微生物在空氣中的濃度。
防護門要有自動閉門裝置，以防止病原體外泄。實驗室家具要合理的布局，配置生物安全柜、全鋼通風柜、負壓實驗室、緊急沖淋，
對化學品正確儲存，分類標識，化學試劑應存放在專門的容器中，并配備容器蓋，避免試劑的揮發。實驗人員在進行實驗時必須穿戴符合標準的防護服，涉及到危險材料時使用安全眼鏡、面罩，制定和遵守嚴格的操作規程，包括樣本的采集、處理、存儲以及廢棄物的處理等。
實驗人員在進入實驗室前應了解實驗內容、操作規范及潛在風險，并穿戴好個人防護裝備。嚴格按照實驗操作規程進行操作，避免操作失誤導致的安全事故。
建立正確的廢物處理制度，并按照規定進行廢物分類、儲存和處理。三級、四級病原微生物實驗室污染區和半污染區產生的固體廢物和二級病原微生物實驗室產生的含病原微生物的固體廢物應在實驗室內進行消毒滅菌處理，并經檢測達到規定限值后，方可移出實驗室進行焚燒處理或交由具備醫療廢物集中處置資質的單位處置 。
微生物實驗室的安全防護包括生物安全防護、化學安全防護、物理安全防護等多個方面，旨在保護實驗人員免受微生物感染、化學危害、物理傷害等風險。防止病原微生物的意外泄漏或擴散，保護實驗人員的安全和健康。
