農作物檢驗實驗室要保持封閉和清潔，檢驗實驗室布局應遵循“功能分區明確、流程順暢、減少交叉污染”的原則。
劃分為業務收樣室、樣品貯藏室、樣品處理室、試劑貯藏室、樣品檢測前處理室、儀器分析室、稱量室、烘干室、標準溶液配置室、感官分析室、品質分析室、微生物檢測室、轉基因成分檢測室、食品毒理分析室等。，設置緩沖間，減少相互干擾。
配備溫濕度控制系統、通風系統，確保實驗環境達到規定標準。例如，微生物檢測室需保持低溫低濕環境，以防止微生物過度繁殖；而某些理化分析則可能需要恒溫恒濕條件以保證儀器穩定性和檢測精度。良好的通風系統，包括自然通風和機械通風相結合，確保實驗過程中產生的有害氣體、粉塵等能夠及時排出，同時防止外界污染物進入。微生物檢測室及特殊檢測區域應安裝高效過濾器，保持室內空氣潔凈度。微生物檢測室及特殊檢測區域安裝高效過濾器，保持室內空氣潔凈度。
實驗室的溫度、濕度、光照等環境因素對實驗結果有著重要影響，因此在建設實驗室時要考慮這些因素，并配備相應的環境控制設備。引入實驗室信息管理系統（LIMS）等信息化工具，實現樣品管理、檢測任務分配、數據錄入與分析、報告生成與發布等流程的自動化和信息化。利用大數據、人工智能等技術對檢測數據進行分析和挖掘，為農作物質量安全的監管和決策提供有力支持。
規劃實驗室廢棄物處理區域，實驗廢液、廢渣、廢氣的排放符合標準。合理利用資源，減少能源消耗。
建立實驗室管理系統、設備監控系統、安全監控系統等，提高工作效率和管理水平。
農作物檢驗實驗室的建設方案需要綜合考慮選址、布局、環境控制、儀器設備配置、人員配置與培訓、質量管理體系建設以及安全管理與應急措施等多個方面。通過科學合理的設計和實施，可以建立起一個高效、準確、安全的農作物檢驗實驗室，為保障農產品質量安全提供有力支撐。
